Первоначально в Костроме существовало раздельно три монастыря – Богоявленский, Анастасьин и Крестовоздвиженский: первый – мужской, а два остальных женские. История каждого из них достаточно богата.
Анастасьин монастырь обязан своим появлением Анастасии Романовой – первой жене царя Ивана IV (матери царя Федора), а Богоявленский – не менее важной для русской культуры персоне – ученику Сергия Радонежского, старцу Никите.
Со временем все три обители объединились в одну. Во время возведения монастырских строений, все здания в Костроме были деревянными, исключением новые палаты не стали – деревянные стены выполняли достаточно специфичную для них функцию: охраняли город от врагов. Впрочем, это длилось недолго. В XVI в., когда к Богоявленскому монастырю присоединяют два других, началось возведение первого в городе каменного здания – Богоявленского собора.
Судьба обители отнюдь не была спокойной: первые испытания монахам пришлось вынести в 1569-70 гг, когда на них пал гнев Ивана Грозного, поверившего клевете против монастыря – в результате ряд иноков был казнен (погибший игумен Исайя захоронен в подклети Богоявленского собора - его детища).
В следующий раз смерть заглянула в монастырь в 1608 г., когда его осадили войска Лжедмитрия II. Стены не выдержали приступа, и захватчики проникли внутрь тихой обители, погубив в общей сложности 54 человека, разрушив постройки, устроив грабежи. После восстановления снесенных зданий монахи вплоть до закрытия монастыря в XX в. совершали службу, вспоминая о погибших 30 декабря 1608 г.
Впрочем, восстановление началось практически сразу. В 1609 г. возведен ряд строений, до сегодняшнего дня, к сожалению, не сохранившихся: были построены две церкви и звонница. Самым красивым сооружением того времени стала Трехсвятительская церковь. На ее строение ушло почти десять лет, очевидно, что здание было достаточно величественным – двуглавая двухэтажная церковь была красивейшим храмом. Хотя главным строением по-прежнему оставался Богоявленский собор, правда, подвергшийся перестройке: к нему пристроили небольшой храм, а стены обнесли галереей. Тогда же собор расписали (правда, эти древние фрески не сохранились), строителям удалось сберечь каменные надгробия в подклети, где покоятся многие люди, сыгравшие немалую роль в истории монастыря. В то же время территория обносится каменными стенами, сохранившимися лишь частично: сегодня по ним уже сложно представить, что в XVII в. здесь существовала практически неприступная крепость: единственная не разрушенная башня была переделана в колокольню.
Впрочем, и сегодня ряд зданий можно смело отнести к архитектурным ценностям: два с половиной века стоит Никольская церковь, являющая собой пример барокко в религиозной архитектуре; чуть больше времени живет трапезная палата, не подвергавшаяся значительной перестройке.
